Man of Science, Man of Faith Вторият сезон започва със сцена в която оцелелите тръгват с Джак, Лок и останалите и влизат в люка , разкривайки обстановката долу. Един от героите е избран да се спусне в мистериозния люк,а Шанън среща шокиращо познато лице в джунглата. Бандата от приятели, семейства, врагове и непознати трябва да продължат да действат заедно срещу мъчителното време и суровия терен ако искат да оживея на острова. Но, както откриват през четиридесет дневният си престой на острова, опасност и мистерия се задават зад секи ъгъл, и тези на си мислят, че могат да се доверят, могат да се обърнат срещу тях. Дори и най – обичаните герои имат тайни. Накрая Джин, Майкъл и Сойер оцеляват след като бяха нападнати от "Другите", докато Уолт все още липсва.
Adrift След отвличането на Уолт и разрушаването на сала, Майкъл, Сойер и Джин се борят за живота си насред нищото в океана и откриват нов хищник в мътното море. Междувременно на сушата, Лок трябва да се спусне в Люка, защото един от героите изчезва вътре.
Orientation Джак, Лок и Кейт научават още тайни около люка. Междувременно, след като са отвлечени и пребити Сойер, Майкъл и Джин започват да се чудят дали хората които са ги отвлекли са оцелели като тях или са ужасните "Други". Ретроспекцийте разкриват повече от миналото на Лок, също така ни представят и Хелън ( в ролята Кейти Сегал "Женени с деца"), която разтърсващо променя нещата,чрез своята разкриваща се личност и минало.
Everybody Hates Hugo Хърли се бори с поставената му задача вътре в люка, докато ретросперкцията разкрива тревожни спомени около живота му преди катастрофата. Междувременно Сойер, Майкъл и Джин научават повече за пленилите ги хора на острова. Клеър разкрива потресаваща информация за съдбата на сала.
And Found Ретроспекциите в този епизод ще ни разкрият повече за живота на Джин преди катастрофата на острова.Ще видим бившия работодател на Джин в хотел Grand Seoul , Г-н Ким, и Jae Lee , конкурентът на Джин, който има всичко което той няма, добро образование, чар и богатство.Всичко това показва защо Джин е такъв какъвто е сега.
Abandoned Този епизод разкрива шокиращото минало на Шанън, бракът и както и как е манипулирала хората преди катастрофата.Разкрива се повече за смъртта на неин близък който умира в болницата където е работел Джак. Сойер ще се бори за живота си докато Майкъл и Джин прекосяват острова с оцелелите от опашката.През това време Шанън пак вижда Уолт, и Чарли ревнува от интереса на Лок към Клеър.
The Other 48 Days Разкриват се първите мъчителни 48 дни на оцелелите от опашката."Другите" отвличат хора от лагера им.Групата се мести навътре в острова, но за нещастие нещата стават по- лоши когато един от тях започва да ги лъже, когато откриват че един не е бил на самолет.
Collision Изригва ярост когато Ана Лусия и нейната група се сблъскват със Саид и останалите на острова.Ана Лусия държи Саид като пленник.Кейт и Джак се погрижват за Сойер когато Еко го връща в лагера.Ретроспекциите разкрива ужасният живот на Ана Лусия като полицай след като е била простреляна от заподозрян.Накрая един по един всички от опашката достигат лагера.
What Kate Did Когато историята на Кейт продължава, истинското престъпление което е извършила се разкрива.Лок и Еко правят интересно откритие относто филма, а Майкъл има мистериозна среща с компютъра.
The 23rd Psalm Ще видим част от миналото на Еко, от което ще разберем повече защо прекара 40 дни на мълчание
The Hunting Party Джак, Лок и Сойер търсят непоколебимия Майкъл след като се впуска в джунглата след "Другите" за да търси Уолт.През тов време Сън реагира изненадващо на решението на Джин да се присъедини към търсещата група, а Хърли и Чарли мислят над древния въпрос "какво искат жените"
Fire + Water Когато халюцинациите на Чарли го карат да вярва че бебето на Клеър, Арън е в опасност, Лок подозира че Чарли може би се дрогира отново.През това време Сойер насърчава Хърли да направи нещо по въпроса след като Либи го причвлича.
The Long Con Някои от оцелелите се страхуват, че "Другите" може да са се върнали когато Сън пострадва при неуспешен опит за отвличане докато е в градината. Границата на доверието между Лок и Джак става много тънка когато заключват оръжията. През това време Сойер се забавлява като вижда обтегнатите отношение между Джак, Сойер, Кейт и Ана Лусия. Когато Джак.Накрая, ретроспекциите разкриват повече за измамния живот на Сойер.
One of Them След нападението над Сън, някои от оцелелите започват да мислят, че някои от останалите оцелели може да е един от "Другите". Когато французойката Даниел Русо завежда Саид при тайнствен затворник в джунглата, той е твърдо решен да разбере дали е един от "Другите". Междувременно, Сойер открива тайната на Хърли която може евентуално да ядоса останалите и го изнудва да му помогне да открие неуловимото островно същество което неиска да го остави на мира.
Maternity Leave Мистериозната болест от която Арън внезапно се разболява, изпраща Клеър, Кейт и Даниел на същото място където Клеър е била след отвличането.Тя вярва, че там ще открие лекарство за болеста на Арън. В това време Джак и Лок правят всичко възможно за да запазят затворник в тайна от остналите на острова.
The Whole Truth Сън открива, че може би е бременна.Чуди се дали да каже на Джин за това. През това време, след безуспешните опити на Джак или Саид, Ана Лусия е извикана от Лок да разпита новия затворник Хенри Гейл за да получи повече информация за балона с който той и жена му са се озовали на острова. Ана, Саид и Чарли тръгват през джунглата да търсят балона.
Lockdown Когато бункерът започва да прави каквото си иска, Лок е принуден да поиска помощта на нежелан съюзник за да овладее положението. През това време Ана Лусия, Саид и Чарли търсят истината за Хенри Гейл като проверяват дали наистина има балон там в джунглата.
Dave Либи помага на Хърли, когато той започва да мисли, че острова му оказва странно влияние.Хърли вижда Дейв на острова, който беше неговият "приятел" в лудницата където е бил преди катастрофата.Намеренията на Лок се променят когато затворникът му разкрива нова информация за бункера.
S.O.S. Роуз изненадващи е против плана на Бернард да направят S.O.S. сигнал; романтиката между Джак и Кейт се връща когато отиват в джунглата за да предложат "сделка" на "Другите"; Лок започва да е съмнява във вярата си в острова.
Two for the Road След като откриват изтощеният Майкъл в джунглата, Джак и Кейт го връщат обратно в лагера. Когато накрая Майкъл се събужда разкрива някои нови подробности отностно "Другите; Хърли планира да покани Либи на среща.Хенри се опитва да убие Ана Лусия и сега Ана иска да си отмъсти.
(не се знае) Еко иска помощта на Лок за да открият тайно място в което той вярва, че се крие ключът към тайната на острова;Джак и останалите се опитват да се справят с ужасната ситуация в бункера.
Three Minutes Майкъл убеждава Джак и още няколко от хората да му помогнат да спаси Уолт от "Другите". Докато Джак го няма, Лок е сам в бункера и трябва да реши дали да се довери на Хенри и да не натиска бутона, рискувайки живота на всички. През това време се разкрива какво се е случило с Майкъл след като избага.Чарли се противопоставя на решението на Еко да прекрати строежа на църквата.
Live Together, Die Alone След като откриват нещо близо до брега, Джак и Саид измислят план да се срещнат с "Другите" и да върнат Уолт обратно. В същото време ще има отговор на въпроса къде е бил Майкъл. През това време Еко и Лок се спречкват заради решението на Лок да спре да натиска бутона. Дезмънт се връща и разкрива малко повече за преживяванията си на острова през тези 3 години когато е бил в бункера.